Fue primero un jacalón de madera tosco situado en el lado oriente del templo de San Francisco, y entre finales del siglo XVI y principios del XVII el hospital fue convertido en Iglesia, llamándose capilla del hospital, el que se convirtió posteriormente en centro doctrinario.
Tiene 2 dos particularidades. Al lado Norte del Frente se levanta una torre inconclusa de cantera rojiza. La otra particularidad son las construcciones, internas y externas, que se realizaron en el siglo XX, por el R.P. Fray Daniel Míreles. La explanada con gradería, arreglo del nuevo pulpito y construcción de las catacumbas. (Bajo el piso del templo existía o aún existe, un sótano con altar al fondo, paraleló al templo. En este sótano en un regular espacio, están colocadas criptas en hieleras, en la que están pequeños ataúdes con restos de fieles. Este sótano fue construido por el R.P. Fray Daniel Míreles en el año de 1943). Este “sotano” es adecuadamente lamado como Criptas.
Su portada se encuentra enmarcada por un arco de medio punto (arco simple) decorado con imágenes esculpidas en cantera, en las que se nota la mano del artista indígena. En el interior destaca un púlpito tallado totalmente en cantera. Este templo se encuentra circundado por lo que en tiempos pasados fue el atrio parroquial y en la actualidad es una pequeña plaza en la que se puede admirar su fachada, así como el Convento Franciscano de Santa María de Gracia, en cuyo patio central sobresale una fuente bellamente labrada con decoración barroca. La arquería del conjunto está conformada por arcos de medio punto, los cuales están ornamentados con figuras que representan personajes de la Iglesia Católica. A un costado del convento está edificada la actual parroquia de la ciudad, la cual es anterior en su construcción al claustro anexo. Esta iglesia fue levantada hacia el año 1532, y su estilo arquitectónico se ha clasificado como tetequitqui (arte indio-cristiano del siglo XVI en México, que representa el complicado diálogo sociopolítico y religioso, así como el proceso de transculturación entre los indígenas y los españoles).