La Alhóndiga de Granaditas alberga desde 1958 al Museo Regional de Guanajuato, considerado como uno de los más grandes y ricos de la república mexicana ya que cuenta con un acervo inventariado de 9, 275 objetos de gran valor histórico y cultural.
El Museo Regional de Guanajuato fue diseñado en 1967 para rendir un homenaje permanente a Hidalgo, Morelos, Jiménez, Allende, Aldama y Guerrero.
Una lámpara votiva, ubicada en el centro del recinto cívico, guarda la llama de la Independencia, fuego que se renueva cada mes y, como ocasión especial, el 28 de septiembre, en conmemoración de la toma de la Alhóndiga en los albores del levantamiento insurgente.
En las salas de este museo se exhibe Artes y costumbres de Guanajuato, muestra de las expresiones artísticas de los artesanos del estado lo cual el visitante podrá conocer a través de una colección que ha sido organizada desde una visión etnográfica. Luego, en otra de las salas del museo se muestra una selección de imágenes de Romualdo García, el fotógrafo más representativo del estado. Las imágenes de García son consideradas como un catálogo de las clases sociales de Guanajuato desarrolladas entre 1887 y 1914. Además, en esta sala también se presentan exposiciones temporales de varios artistas. Conjuntamente a ello, el visitante podrá observar y apreciar uno de los acervos más completos de sellos prehispánicos de México, elaborados principalmente con barro y piedra, representan plantas, flores, animales, formas humanas, seres míticos y una gran variedad de formas geométricas.
En otra de las salas, el visitante podrá conocer sobre el arte mesoamericano mediante una colección de objetos arqueológicos de diversas culturas, reunidas a lo largo de 25 años por los pintores José Chávez Morado y Olga Costa.
En la sala dedicada a la historia se presentan documentos, gráficos y planos que ilustran acontecimientos nacionales y regionales que marcaron la historia de México desde los antecedentes de la lucha de Independencia hasta la instauración de la República en 1823. El año de partida es 1750, cuando se constituyó una estructura regional conocida como el complejo Sierra-Bajío, donde se fincó el desarrollo de la economía, la sociedad y la cultura de Guanajuato.